در جلسه‌ای که شورای مدرسین حوزه علمیه قم، با امام خمینی ـ رحمة الله علیه ـ داشتند، امام از وضع آینده حوزه‌ها اظهار نگرانی کردند، آیت الله العظمی صافی گلپایگانی ـ حفظه الله ـ به ایشان عرض کردند که در تهران هم مدرسه‌ای هست که اگر در آینده مجتهدی گلپایگانی بیرون بیاید از آنجاست. امام فرموده بودند: می‌دانم می‌دانم.
شخصی از حضرت امام استفتاء کرد که پسرم دیپلم گرفته است و می‌خواهم او را به حوزه علمیه بفرستم کدام حوزه خوب است. امام فرمودند: حوزه آقای مجتهدی.
رهبر معظم انقلاب ـ حفظه الله ـ فرمودند: اگر مدرسه علمیه ایشان نبود متحیر بودم فرزندانم را به کجا بفرستم.
آیت الله العظمی وحید خراسانی ـ حفظه الله ـ فرمودند: در مدرسه ایشان، انسان، تربیت می‌شود.
آیت الله العظمی فاضل لنکرانی ـ رحمه الله ـ در جواب سئوالی که در کدام حوزه برویم درس بخوانیم فرمودند: به حوزه آقای مجتهدی.
آیت الله العظمی ناصر مکارم شیرازی ـ حفظه الله ـ فرمودند: ما برای طلاب ایشان احترام خاصی قائل هستیم.
آیت الله العظمی جوادی آملی ـ حفظه الله ـ در جواب شخصی که پرسیدند در تهران به درس اخلاق چه کسی برویم، فرمودند: به درس اخلاق آقای مجتهدی بروید.
آیت الله العظمی مرعشی نجفی ـ رحمه الله ـ در جواب سئوالِ طلابِ حوزه آیت الله مجتهدی، که موعظه خواسته بودند فرمودند: بروید کارهای آقای مجتهدی را نگاه کنید همه‌اش موعظه است.
آیت الله العظمی شبیری زنجانی ـ حفظه الله ـ فرمودند: طلابی که در محضر حاج آقا مجتهدی هستند، نَفَس ایشان( و مراقبت های دائمی از درس و اخلاق طلاب) آنها را عاقبت بخیر می‌کند.
رهبر معظم انقلاب در دیدار با طلاب و اساتید مدرسه علمیه آیت الله مجتهدی فرمودند: « از سالها پیش خیلی مایل بودم که یک وقت به مدرسه شما و این حوزه گرمی که در تهران بر خلاف معمول به حمدالله با همت بلندی به وجود آمده، خودم بیایم و از نزدیک آنجا را ببینم، اما امروز به حمدالله این توفیق را پیدا کردیم که شما به اینجا تشریف بیاورید و از نزدیک زیارتتان کنم، مدرسه ایشان را پیش از انقلاب می‌شناختم و نام و آوازه این مدرسه را شنیده بودم، ایشان همت کردند و در تهران یک حوزه علمیه واقعی و جدی تشکیل دادند، این چیز خیلی کمیاب و کم نظیری بوده است.
عشق و علاقه ایشان به این کار و تلاش مخلصانه‌ای که انجام دادند ، کمک الهی را جلب کرد و ایشان توانستند این کار را انجام دهند، این مدرسه به حمدالله برکاتی هم داشته است، از سالهای متمادی فضلای برجسته و علمای محترمی از همین کانونِ بنا شده بر عشق و همت و تلاش و اخلاص بیرون آمده‌اند و در نقاط مختلف مشغول انجام وظیفه‌اند، این را باید قدر بدانیم.»